Comme pour le riz, la transformation du fonio nécessite la succession de 2 opérations :

•  le décorticage qui permet d'enlever les balles du fonio paddy (grain vêtu) pour obtenir le fonio décortiqué (grain nu)
•  le blanchiment qui a pour objet d'éliminer le son (péricarpe et germe) du grain pour obtenir le fonio blanchi

Diagramme de transformation du fonio (© J-F Cruz, Cirad)

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Des essais réalisés en laboratoire au Cirad de Montpellier sur différentes variétés de fonio de Guinée à 11%-12% d'humidité ont montré que les balles et le son représentent respectivement 23 % et 9% du poids du grain paddy.

Le rendement potentiel de transformation du fonio paddy en fonio blanchi doit théoriquement approcher 68%.